Der Coburger Raum gehörte seit der Christianisierung Frankens und Thüringens, wohl erstmals um 768, bis zur Einführung der Reformation 1524 zum Bistum Würzburg. Danach war die Stadt über viele Jahrhunderte eine fast ausschließlich protestantische Stadt. Vorherrschend war das lutherische Bekenntnis. 1910 waren über 96 % der Bevölkerung Mitglied der evangelischen Landeskirche. Oberhaupt der Landeskirche war der jeweilige Herzog von Sachsen-Coburg als „summus episcopus“. Dieser ernannte unter anderem die Kirchenregierungen. Die geistliche Leitung hatten die Superintendenten mit Sitz in Coburg. Nach der Vereinigung Coburgs mit Bayern schloss sich 1921 die Evangelische Landeskirche Coburg der Evangelischen-Lutherischen Landeskirche Bayerns an. Innerhalb dieser Landeskirche ist Coburg Sitz des mit über 82.000 Mitgliedern größten Dekanats in Bayern.
Römisch-katholische Gemeindeglieder zogen spätestens im 18. Jahrhundert wieder in die Stadt. Ihnen wurde es ab 1802 gestattet, Gottesdienste abzuhalten, zuerst in einem Zimmer in der Ketschengasse 1, ab 1806 in der Nikolaus-Kapelle. 1860 erhielten die ca. 600 Katholiken unter der Protektion von Prinz August von Sachsen-Coburg-Koháry den Kirchenneubau St. Augustin als eigene Kirche.
Ab 1826 war die Kirchengemeinde der Erzdiözese Bamberg zugeteilt worden, 1920 dann endgültig.
Neben den beiden großen Kirchen gibt es heute auch Gemeinden, die zu Freikirchen gehören, darunter die Evangelisch-Freikirchliche Gemeinde (Baptisten), die Adventgemeinde (Adventisten) und die Christengemeinschaft.
Ferner sind eine Neuapostolische Gemeinde, eine Alt-Katholische Kirchengemeinde, die Kirche Jesu Christi der Heiligen der letzten Tage und die Zeugen Jehovas in Coburg vertreten. Eine jüdische Gemeinde mit Synagoge gibt es seit 1941 nicht mehr. Im Jahr 2006 bestehen drei Gebetshäuser muslemischer Gemeinden in Coburg.
Heutige Religionszugehörigkeit in Coburg
| Religion (Konfession) | Anteil |
| Evangelisch | 36 % |
| Katholisch | 16 % |
| Sonstige | 48 % |